Repository of the Academy's Library

Genomiális eltérések és génexpresszió közötti kapcsolat vizsgálata, melanomák metasztázisképzésre jellemző genetikai markerek kutatása = Association beetween genomic alterations and gene expression, search for genetic markers in association with melanoma metastasis formation

Balázs, Margit and Ádány, Róza and Bégány, Ágnes and Lázár, Viktória and Rákosy, Zsuzsa and Treszl, Andrea (2010) Genomiális eltérések és génexpresszió közötti kapcsolat vizsgálata, melanomák metasztázisképzésre jellemző genetikai markerek kutatása = Association beetween genomic alterations and gene expression, search for genetic markers in association with melanoma metastasis formation. Project Report. OTKA.

[img]
Preview
PDF
48750_ZJ1.pdf

Download (1097Kb)

Abstract

A projekt keretében melanomák genom és génexpressziós eltéréseit analizáltuk. Q-PCR-el gyakori mutációt találtunk a BRAF és NRAS onkogénekre. BRAF mutációval asszociálódott jellegzetes eltérések a 7p22, 7q21, 7q31 szakaszok többlete és a 10q21, 10q26 lókuszok vesztése voltak. Hierachikus klaszter analizissel két jellegzetes molekuláris alosztályt figyeltünk meg, amely a kevésbé aggresszív tumoroktól az agresszív daganatokat egyértelműen elválasztották. 1095 eltérő expressziójú gén az ulcerációval asszociálódott. Közülük 1021 gén alulregulált volt a rosszprognózisú csoportban, és érdekes, hogy ugyanezek a gének magas expressiójuak voltak a másik csoportban. Metasztázisok génexpressziója az ulcerációval mutatott azonos mintázatot. Az ulcerált felszínű melanomákban csökkent expressziójú gének funkcióját vizsgálva kimutattuk, hogy többségük a bőr- és szőrfejlődési funkció, dermatológiai betegségek, daganatfejlődés, sejtosztódás a sejtciklus, sejt-sejt interakció és sejtmotilitás szabályozó folyamatokhoz tartozik, a p53, ERK/MAP, IP3/AKT és WNT/? katenin, Nf-?B molekulási útvonalakon hatva. Interfázisos FISH analízissel kimutattuk, hogy az EGFR génkópiaszám többlete, primer melanomákban rossz prognózissal társul. A 9p21-es lokusz delécióját mind a korai, mind a késői melanomákban megfigyeltük. Nem találtunk szoros korrelációt a 9p21-es lokusz genetikai eltérései és a daganatok klinikopatológiai tulajdonságai között. | Within the framework of this project using Q-PCR we found frequent mutation of the BRAF and NRAS oncogenes in primary melanomas. Genom alterations exclusively associated with BRAF mutation were gains of 7p22, 7q21, 7q31, and losses of 10q21, 10q26. Unsupervised cluster analysis of geneexpression data revealed two characteristic molecular subclasses of melanoma, segregating aggressive tumors from less aggressive ones. Differentially expressed genes (1095) were associated with ulceration. Majority these (1021) were downregulated in subclass with bad prognosis and upregulated in the less aggressive group. Geneexpression signature of metastastases displayed similar signature, majority of the genes defined for the ulcerated lesions showed reduced expression in metastatic tumors. Using functional annotations five networks were identified belonging into the hair and skin development-, cancer-, cellular growth- and proliferation and affect the p53, Wnt/?-catenin and Nf-?B signaling pathways. By FISH we demonstrated that elevated copies of EGFR gene is associated with poor prognosis. Outcome of patients whose primary tumors had highly amplified EGFR gene was poor. Correlation between the gene amplification, mRNA level and protein expression was not linear. 9p21 deletion was present in early and late stages of the disease with similar frequency. We could not find strong correlation the 9p21 status of melanomas and the patients? clinical parameters.

Item Type: Monograph (Project Report)
Uncontrolled Keywords: Elméleti Orvostudomány
Subjects: R Medicine / orvostudomány > R1 Medicine (General) / orvostudomány általában
Depositing User: Mr. Andras Holl
Date Deposited: 07 Sep 2010 14:30
Last Modified: 30 Nov 2010 13:58
URI: http://real.mtak.hu/id/eprint/2259

Actions (login required)

View Item View Item