Repository of the Academy's Library

Transzmembrán fehérjék in-silico szerkezet vizsgálata. = In-silico study of transmembrane protein's structures.

Tusnády, Gábor and Simon, István (2009) Transzmembrán fehérjék in-silico szerkezet vizsgálata. = In-silico study of transmembrane protein's structures. Project Report. OTKA.

[img]
Preview
PDF
61684_ZJ1.pdf

Download (472Kb)

Abstract

Ebben a pályázatban a FEBS Letters felkérésére összefoglalót készítettünk a humán ABC fehérjék membrán topológiájáról, továbbfejlesztettük a BiSearch PCR primer-tervező szoftvert (http://bisearch.enzim.hu), amelyről a BMC Bioinformatics-ban számoltunk be. Felkérésre írtunk egy összefoglaló könyvfejezetet is erről a témáról, ami a Methods in Molecular Biology-ban jelent meg. Létrehoztunk továbbá két topológiai adatokat tartalmazó adatbázist, amelyeket TOPDB (http://topdb.enzim.hu) és TOPDOM (http://topdom.enzim.hu) adatbázisnak neveztünk el. A TOPDB adatbázis az ismert szerkezetű transzmembrán fehérjék topológiai adatait, valamint az irodalomban található különböző fizikai-kémiai, molekuláris biológiai módszerrel nyert topológiai adatokat tartalmazza. A TOPDOM adatbázis olyan domén és szekvencia motívum adatokat tartalmaz, amelyek a transzmembrán fehérjékben konzervatív módon találhatóak meg. Ezeket a munkákat a Nucleic Acids Research, illetve a Bioinformatics folyóiratban közöltük. A pályázatban közreműködő Simon István további 16 cikket publikált a jelen pályázat futamidejében, amelyek közül 13 cikk a T049073 sz. OTKA pályázat zárójelentésében kerültek kifejtésre, illetve 3 a T072569 sz. OTKA pályázat első részjelentésében lesz található. | In this project we have written a minireview to the FEBS Letters about the topology of ABC transporters. We improved the BiSearch primer design and PCR algorithm (http://bisearch.enzim.hu), which was reported in BMC Bioinformatics. We also have written a review in this fild in the Methods in Molecular Biology. We have created two databases containing topology data of transmembrane proteins, called TOPDB (http://topdb.enzim.hu) and TOPDOM (http://topdom.enzim.hu), respectively. The TOPDB database contains the topology data of transmembrane proteins with known 3D structure, as well as the details of various physico-chemical and molecular biology experiments carried out to learn about the topology of these proteins. TOPDOM is a collection of domains and sequence motifs located conservatively in one side of transmembrane proteins. These works have been published in Nucleic Acids Research and Bioinformatics, respectively. Moreover, István Simon, the participant of this project has published 16 articles in the time of this project, from which 13 articles have been reported in the final report of the T049073 OTKA project, and 3 articles will be reported in the first progress report of the T072569 OTKA project.

Item Type: Monograph (Project Report)
Uncontrolled Keywords: Biofizika
Subjects: Q Science / természettudomány > QH Natural history / természetrajz > QH301 Biology / biológia > QH3020 Biophysics / biofizika
Depositing User: Mr. Andras Holl
Date Deposited: 07 Sep 2010 14:30
Last Modified: 30 Nov 2010 11:54
URI: http://real.mtak.hu/id/eprint/2571

Actions (login required)

View Item View Item