Transzmembán fehérjék elméleti szerkezet vizsgálata és tudásbázisa = Knowledge base and theoretical structure analysis of transmembrane proteins

Tusnády, Gábor and Kozma, Dániel and Magyar, Csaba and Simon, István and Solt, Iván and Tüdos, Éva (2012) Transzmembán fehérjék elméleti szerkezet vizsgálata és tudásbázisa = Knowledge base and theoretical structure analysis of transmembrane proteins. Project Report. OTKA.

Preview

PDF 75460_ZJ1.pdf Download (703kB) | Preview

Abstract

A projekt során elkészítettük a TOPDB adatbázis új web interfészét meghajtó programkönyvtárat (Xbuilder), továbbá módosítottuk a HMMTOP transzmembrán topológia becslő algoritmust oly módon, hogy a meghatározott topológiai kísérleti adatokat, még ha azok ellentmondóak is, figyelembe tudja venni a topológia becslés során. A HMMTOP algoritmusról, annak helyes használatáról, valamint a módosításokról az ebben az időben készült, felkérésre írt könyvfejezetben részletesen is írtunk, valamint a módosított algoritmust – egy amerikai csoporttal együttműködésben - sikeresen alkalmaztuk egy eddig még ismeretlen topológiájú fehérje, a SLC20A1 jelű foszfát transzporter fehérje topológia becsléséhez. Az erről készült munkánk a J. Biol. Chem. folyóiratban publikáltuk. A transzmembrán fehérjék membránban való pontos helyzetének a meghatározásához szükséges új eljárás kidolgozása az APBS eljárás felhasználásával számos problémába ütköztünk és míg ezeken dolgoztunk Callenberg és mtsai közöltek egy cikket, amelyben az általunk felvetett és megoldani kívánt problémát nagyon részletesen leírták, és megoldották. A transzmembán fehérjék szerkezetvizsgálatához kidolgoztunk egy eljárást, amely az XBuilder programcsomagot használva lehetővé teszi a fehérjékben levő atomi kontaktus vizsgálatát, illetve a különböző kontaktus becslő módszerek eredményeinek a tesztelését. Ez a munkánk a Nucleic Acids Research 2012-es adatbázis különszámában jelenik meg. | We have developed the XBuilder program library which is planned to be the engine of the new TOPDB web interface. We have modified the HMMTOP algorithm in a way that it can incorporate the results of various experiments as constraints during the prediction. We were invited to write a review, where the main aspects and usage of HMMTOP algorithm together with these modifications have been discussed. Using this modified version of HMMTOP – cooperating with a group from the NIH - we have successfully predicted and established the topology of the SLC20A1 phosphate transporter. This work has been published in the J. Biol. Chem. During the course of developing a new algorithm to determine the membrane localization of transmembrane proteins by the APBS methods, we have faced to several problems, and while we try to solve them, Callenberg etal come in a solution to these problems. For investigating the structure and atomic contacts in transmembrane proteins we have developed a new web interface, called CMWeb, which utilize the XBuilder program library. This web interface can be used for analyzing and visualizing residue-residue contacts in proteins as well as to benchmark test the results of various contact prediction methods. This work is published in the 2012 NAR Database issue.

Actions (login required)

Edit Item