Mycoplasma anserisalpingitidis törzsek vizsgálata a maggenomot célzó multilókusz szekvenciatipizáló módszerrel = The core genome multi-locus sequence typing of Mycoplasma anserisalpingitidis

Kovács, Áron Botond and Kreizinger, Zsuzsa and Forró, Barbara and Grózner, Dénes and Mitter, Alexa and Marton, Szilvia and Bali, Krisztina and Sawicka, Anna and Tomczyk, Grzegorz and Bányai, Krisztián and Gyuranecz, Miklós (2023) Mycoplasma anserisalpingitidis törzsek vizsgálata a maggenomot célzó multilókusz szekvenciatipizáló módszerrel = The core genome multi-locus sequence typing of Mycoplasma anserisalpingitidis. MAGYAR ÁLLATORVOSOK LAPJA, 145 (9). pp. 527-534. ISSN 0025-004X

Text 527_534_Kovacs_Aron_Botond_baromfi.pdf - Published Version Restricted to Repository staff only Download (1MB) | Request a copy

Abstract

A Mycoplasma anserisalpingitidis jelentős anyagi károkat okozó vízibaromfi-patogén baktérium. A vizsgálatukban a szerzők fajra jellemző, alapgénkészletre („mag” genomra) hoztak létre egy multilókusz szekvenciatipizáló sémát, amely elősegíti a M. anserisalpingitidis változatosságának pontosabb diagnosztizálását. A séma fejlesztése során 110 M. anserisalpingitidis törzset vizsgáltak, ezek elsősorban Európából származtak, de kínai és vietnámi mintákat is elemeztek. Az általuk fejlesztett tipizáló módszer segítségével sikeresen azonosítottak egy állattenyésztési integrációból származó mintákat, ill. egy állományból, vagy egy állatból származó mintákat is. | Background: Mycoplasma anserisalpingitidis is a waterfowl pathogen that mainly infects geese, and can cause significant economic losses. With the advance of whole genome sequencing technologies, new methods are available for the researchers; one emerging methodology is the core genome Multi-Locus Sequence Typing (cgMLST). The core genome contains a high percentage of the coding DNA sequence (CDS) set of the tested strains. Objectives: The aim of this study was to set up a precise and robust cgMLST schema for the genotyping of M. anserisalpingitidis strains. Materials and Methods: In this study, Illumina short reads of 107 M. anserisalpingitidis strains were used along with 3 complete genomes from the NCBI database, including samples from Hungary, Poland, Vietnam, and China (110 samples overall). Draft genomes were assembled with the SPAdes software and analyzed with chewBBACA program. The threshold of the presence of CDS in the strains was set to 95%, resulting in the most accurate and robust schema. Five hundred forty CDSs constituted our cgMLST schema (representing 68.87% of the whole CDS set of M. anserisalpingitidis ATCC BAA-2147), and a Neighbor joining tree was created using the allelic profiles. Result and Discussion: The phylogenetic tree from the cgMLST schema resembled the real-life relationships of the strains. The schema allowed to differentiate between strains from different integrations and managed to group the strains by geographical origin and isolation date and even strains from the same animal.

Actions (login required)

Edit Item