Repository of the Academy's Library

Komplex hálózatok vizsgálata statisztikus fizikai módszerekkel = Analysis of complex networks with statistical physics methods

Farkas, Illés (2009) Komplex hálózatok vizsgálata statisztikus fizikai módszerekkel = Analysis of complex networks with statistical physics methods. Project Report. OTKA.

[img]
Preview
PDF
48422_ZJ1.pdf

Download (410Kb)

Abstract

Hálózati csoportosulásokat (klasztereket, modulokat) kereső módszer segítségével átfedő, sűrű csoportokat találtunk molekuláris biológiai (fehérje-fehérje kölcsönhatások, transzkripció reguláció), kognitív (szó-asszociációs) és szociális (társszerzőségi) hálózatokban. A hálózati modulkeresővel megtalált átfedő csoportosulásokat a hálózati csúcspontokról rendelkezésre álló információk (pl. a fehérjék funkciója) alapján statisztikai tesztekkel ellenőriztük. A modulok segítségével fehérje-fehérje kölcsönhatási hálózatokban megjósoltuk korábban ismeretlen funkciójú fehérjék funkcióját és jósoltunk fehérje csoportokat, amelyek valószínűleg eddig ismeretlen speciális biológiai feladatok elvégzésén együttműködnek. Az átfedő modulkereső módszer irányított és súlyozott hálózatokra való kiterjesztésével azonosítottuk az irányított hálózatok két fő típusát (az átfedések irányába illetve azokból kifelé mutató modulok esete) és lehetővé tettük a súlyozott hálózatokban történő pontosabb modulkeresést. | With a network module search technique, we identified overlapping modules (also called: clusters, communities) of nodes in complex networks from molecular biology (protein-protein interactions and transcription regulation), cognitive science (word association web) and social science (co-authorship web). We verified the identified overlapping network modules by using additional information available about the nodes (e.g., the annotations of proteins) and performing statistical tests. Based on the modules in protein-protein interaction networks we predicted functions for proteins with no known functions so far and also pointed out groups of proteins that are likely to collaborate on specific biological tasks that are not yet known. By extending the overlapping network module search method to directed and weighted graphs, we have uncovered two major types of overlapping directed modular structure (modules pointing towards the overlaps and modules pointing outwards) and have enabled a more precise module search in weighted networks.

Item Type: Monograph (Project Report)
Uncontrolled Keywords: Biológiai Fizika
Subjects: Q Science / természettudomány > QH Natural history / természetrajz > QH301 Biology / biológia
Q Science / természettudomány > QC Physics / fizika
Depositing User: Mr. Andras Holl
Date Deposited: 08 May 2009 11:00
Last Modified: 30 Nov 2010 16:09
URI: http://real.mtak.hu/id/eprint/1799

Actions (login required)

View Item View Item