REAL

Oligoszacharidok és glikopeptidek konformációs terének feltérképezése ab intio és QM/MM módszerek segítségével

Csonka, Gábor (2007) Oligoszacharidok és glikopeptidek konformációs terének feltérképezése ab intio és QM/MM módszerek segítségével. Project Report. OTKA.

[img]
Preview
PDF
34764_ZJ1.pdf

Download (108Kb)

Abstract

Megmutattuk, hogy milyen módon lehet a sűrűség funkcionál módszereket oligoszacharidok és glikopeptidek konformációs terének feltérképezésére a felhasználni. Az egyik munkánkban a zérus pont energia korrekciók pontos kiszámítására adtunk egy megoldást. (2005 július-szeptember időszak három leggyakrabban lekért JCPA cikk egyike, forrás ACS). Megmutattuk milyen módon használhatók a különböző sűrűség funkcionálok gyenge kölcsönhatások leírására. Korábban a nemesgáz dimerek tanulmányozása alapján arra a következtetésre jutottak, hogy a sűrűség funkcionálok egyáltalán nem alkalmasak pl. van der Waals kölcsönhatások leírására. Kimutattuk, hogy ez a Becke88 cserélődési funkcionálra ugyan igaz, más GGA vagy meta-GGA funkcionálok használatával (pl. PBE v. TPSS) viszonylag jó eredményeket kapunk nemes gáz dimerekre. Az irodalommal összhangban azt is megmutattuk, hogy ezek a jó eredmények nem garantálják más gyenge kölcsönhatások jó leírását (lásd a PBE funkcionál kudarcát benzol dimerekre). A víz dimerek és trimerek segítségével kerestük meg az optimális bázist és funkcionált H-kötések leírásához. Sűrűség funkcionálok fejlesztése során célunk egy gyors, univerzálisan használható, jó minőségű sűrűség funkcionál. Ezeket az anyagtudomány (szilárd test fizika és kémia), a nano-technológia (molekuláris gépek) és molekuláris biológia tudja felhasználni. Összesen 16 közlemény, 94 független idézetet kaptunk 2007. januárig. | We have shown how the density functional methods can be applied for mapping of the conformational space of oligosaccharides and glycopeptides. In one of our works we have given a solution for precise evaluation of zero point energy correction (this paper was the third most accessed JCPA paper in 2005 July - September, source: ACS). We have also shown how the various density functionals can be used to describe weak interactions. Earlier studies based on noble gases concluded, that the density functional are not applicable at all for the description of van der Waals interactions. We have shown that this is certainly true for the B88 exchange functional, but other GGA or meta-GGA functionals like PBE or TPSS we can obtain relatively good results for noble gas dimers. In agreement with the literature we have also shown that these good results do not guarantee the good description of other weak interactions (see failure of PBE functional for benzene dimers). By using water dimers and trimers we have found the optimal basis sets and functionals for H-bonds. We developed further the density functional in order to obtain a quick, universal, and good quality functional. These can be used for material science (solid state physics and chemistry), for nano-technology (molecular machines), and for molecular biology. 16 publications, 94 citations until January of 2007.

Item Type: Monograph (Project Report)
Subjects: Q Science / természettudomány > QD Chemistry / kémia > QD02 Physical chemistry / fizikai kémia
Q Science / természettudomány > QD Chemistry / kémia > QD03 Inorganic chemistry / szervetlen kémia
Depositing User: Mr. Andras Holl
Date Deposited: 01 May 2009 07:21
Last Modified: 01 Dec 2010 00:53
URI: http://real.mtak.hu/id/eprint/57

Actions (login required)

View Item View Item