A pajzsmirigygöbök genetikai vizsgálata újgenerációs szekvenáláson alapuló platformon kifejlesztett génpanel segítségével = Genetic testing of thyroid nodules using a gene panel developed on a new generation sequencing platform

Kocsis-Deák, Barbara and Balla, Bernadett and Árvai, Kristóf and Tobiás, Bálint and Győri, Gabriella and Járay, Balázs and Székely, Eszter and Podani, János and Kósa, János and Lakatos, Péter (2019) A pajzsmirigygöbök genetikai vizsgálata újgenerációs szekvenáláson alapuló platformon kifejlesztett génpanel segítségével = Genetic testing of thyroid nodules using a gene panel developed on a new generation sequencing platform. Orvosi Hetilap, 160 (36). pp. 1417-1425. ISSN 0030-6002

Preview

Text 650.2019.31492.pdf Download (179kB) | Preview

Abstract

Absztrakt: Bevezetés: Vékonytű-biopsziás pajzsmirigygöbminták 25%-ánál bizonytalan citológiai eredményt kapunk. A göbök genetikai vizsgálata hozzájárulhat a pontos diagnózishoz. Célkitűzés: Európában az első és a legtöbb, 23 releváns pajzsmirigyonkogént (568 mutációval) tartalmazó génpanel kialakítása. Módszer: A biopsziás mintákból izolált DNS vizsgálata Ion Torrent újgenerációs szekvenálással történt. Eredmények: Módszerünk validációját tumorszövetmintákon végeztük, ennek során 127, a pajzsmirigydaganatokban eddig nem ismert eltéréseket azonosítottunk. Az AXIN1 a legpolimorfabb génnek, míg a BRAF c.1799T>A (V600E) a leggyakrabban azonosított mutációnak bizonyult. A vékonytű-biopsziás mintáinkban 36-féle, klinikailag releváns variánst detektáltunk, melyek 75%-a az irodalomban még nincs leírva. A citológiailag malignus nyolc mintánk közül hatban, a bizonytalan citológiájú tizennégy mintánk közül nyolcban, míg a citológiailag benignus huszonnyolc mintánk közül húszban azonosítottunk patogén variánst valamely driver génben (BRAF c.1799T>A, NRAS c.181C>A). Következtetés: Olyan validált, megbízhatóan működő újgenerációs szekvenáláson alapú módszert fejlesztettünk ki, amely nagy pozitív prediktív értékkel (89%) és szenzitivitással (79%) képes a pajzsmirigy rosszindulatú elváltozásainak korai felismerésére. Orv Hetil. 2019; 160(36): 1417–1425. | Abstract: Introduction: Twenty-five percent of fine-needle aspiration biopsy samples of thyroid nodules produce indeterminate cytological results. Genetic testing of nodules can contribute to accurate diagnosis. Aim: Developing the first gene panel in Europe utilizing the 23 most relevant thyroid oncogenes with 568 mutations. Method: Examination of the isolated DNA from biopsy samples by Ion Torrent new generation sequencing. Results: The validation of our method was performed on tumor tissue samples, in which 127 genetic variations were identified, yet unknown in thyroid tumors. AXIN1 was the most polymorphic gene, while BRAF c.1799T>A (V600E) was the most frequently identified mutation. We detected 36 clinically relevant variants, 75% of which have not been described in the literature. Six of our 8 cytologically malignant and 8 of our 14 indeterminate as well as 20 of our 28 cytologically benign samples were identified as containing pathologic variants in a driver gene (BRAF c.1799T>A, NRAS c.181C>A). Conclusion: We have developed a validated, reliable new generation sequencing-based method with high positive predictive value (89%) and sensitivity (79%), suitable for the early detection of malignant lesions in the thyroid. Orv Hetil. 2019; 160(36): 1417–1425.

Actions (login required)

Edit Item