Mikroszatellit markerek izolálása az akvakultúra növekedő jelentőségű fajainak vizsgálatához = Microsatellite marker isolation for genetic research of increasingly important species in aquaculture

Kovács, Balázs (2012) Mikroszatellit markerek izolálása az akvakultúra növekedő jelentőségű fajainak vizsgálatához = Microsatellite marker isolation for genetic research of increasingly important species in aquaculture. Project Report. OTKA.

Preview

PDF 79177_ZJ1.pdf Download (453kB) | Preview

Abstract

A kutatás során három növekvő jelentőségű halfaj, az afrikai harcsa (Clarias gariepinus), a süllő (Sander lucioperca) és a sügér (Perca fluviátilisz) genomjából izoláltunk genetikai markereket a fajok genetikai vizsgálatához. Mindegyik fajból legalább három európai populáció reprezentatív számú (összesen 704 db minta 10 populáció) mintáját szereztük be. A mintákból izolált DNS-ekből 11 mikroszatellitekben dúsított genomi DNS könyvtárat hoztunk létre, a dúsítási és klónozási módszer optimalizálását követően. A dúsítás mértéke meghaladta a 95%-ot, ezért a könyvtárak további szűrésére nem volt szükség. A könyvtárakból összesen 351 klónt szevenáltunk meg. A szekvenciák elemzése alapján az afrikai harcsánál 65, a süllőnél 44, a csapósügérnél 40 új mikroszatellit kimutatására terveztünk PCR primerpárt. A markerek működésének optimalizálása mellet, az eredeti terveken túl a süllőnél 10, míg a csapósügérnél 8 új mikroszatellittel populációgenetikai elemzést végeztünk az európai mintákon. A populációk közötti genetikai távolságok szoros összefüggést mutattak a földrajzi távolságokkal. Azonban a tógazdaságban fenntartott dalmandi süllő és a három sügér populáción jól látszik az antropogén hatás, míg a természetes süllő populációk Hardy-Weinberg egyensúlyban vannak és érintetlennek tekinthetők. Az új markereket a fajok intenzív tenyésztési és szelekciós programjaiban, egyedi azonosításra, genetikai térképezésre, QTL-ek azonosítására és termék nyomon követésre szeretnénk használni. | The main goals of the project were to isolation new genetic markers from the genome of three increasingly important fish species: African catfish (Clarias gariepinus), pike-perch (Sander lucioperca) and perch (Perca fluviatilis). Samples were collected from at least 3 European populations/species (704 samples, 10 populations). After optimizing existing enrichment and cloning protocols, 11 microsatellite enriched libraries were generated from the isolated DNA samples. The rate of enrichment exceeded 95%, so no further screening steps were needed. The sequence of 351 clones were determined. Based on their analysis, PCR primers were designed for 65 new microsatellite markers from the African catfish, 44 from the pike-perch and 40 from the perch. Besides optimizing PCR protocols for the markers and beyond the project plan, population genetic studies were conducted with 10 pike-perch and 8 perch microsatellites on European samples of perch and pike-perch. Genetic distances proved to show strong correlation with geographical distances. However, anthropogenic effect was clearly shown in case of cultured populations (the three perch and the Dalmand population of pike-perch). On the other hand the natural pike-perch populations are in Hardy-Weinberg equilibrium and could be considered as unaffected. The newly isolated genetic markers will further be used in breeding and selection programmes, individual identification, genome mapping, QTL identification and product monitoring.

Actions (login required)

Edit Item