Vastagbél-biopszia funkcionális mRNS-expressziós vizsgálata és osztályozása általános cDNS microarray technikával = Functional mRNA expression analysis and classification of colonic biopsy samples using overall cDNA microarray technique

Galamb, Orsolya and Sipos, Ferenc and Dinya, Elek and Spisák, Sándor and Somorácz, Áron and Molnár, Béla and Tulassay, Zsolt (2008) Vastagbél-biopszia funkcionális mRNS-expressziós vizsgálata és osztályozása általános cDNS microarray technikával = Functional mRNA expression analysis and classification of colonic biopsy samples using overall cDNA microarray technique. Orvosi Hetilap, 149 (5). pp. 219-232. ISSN 0030-6002

Text oh.2008.28056.pdf Restricted to Repository staff only until 29 February 2028. Download (547kB)

Abstract

A vastagbél-biopszia általános mRNS-expressziós analízise segíthet a helyi kóros elváltozások molekuláris hátterének megismerésében, a gyulladásos és daganatos colonbiopsziák molekuláris mintázat alapján történő osztályozásához. Módszerek: Friss fagyasztott endoszkópos vastagbél-biopsziából teljes RNS kivonása és T7-módszerrel való amplifikációja történt. A génexpressziós mintázatot Atlas Glass 1K microarray-ken határoztuk meg. A microarray minőségi ellenőrzés után a következő minták adatai voltak értékelhetők: 10 colonadenoma, 6 vastagbélrák (CRC) és gyulladásos bélbetegség (IBD: 3 colitis ulcerosa és 3 Crohn-colitis). Többváltozós statisztikai és sejtfunkcionális elemzés történt. Az expressziós adatokat valós idejű RT-PCR-rel és immunhisztokémiával erősítettük meg. Eredmények: A kiválasztott gének diszkriminanciaanalízisével helyesen a 22 minta 4 paraméter alapján (hősokktranszkripciós faktor-1, bystin-szerű, kalgranulin-A, TRAIL receptor-3) osztályozható volt. A gyulladásos bélbetegségekben a kemokin ligand-13, a replikációs protein A1, az E74-szerű faktor-2 fokozott működése, és a TNF-receptor-asszociált faktor-6, a BCL2-interacting killer gének csökkent működése volt jellemző. Adenomában növekedett TNF-receptor-asszociált faktor-6, replikációs protein A1 és E74-szerű faktor-2, valamint csökkent BCL2-asszociált X protein és kalgranulin-A mRNS expresszió volt kimutatható. A vastagbélrákban szignifikánsan megnövekedett az epidermális növekedési faktor receptor, a topoizomeráz-1, a v-jun, a TNF-receptor-asszociált faktor-6 és a TRAIL receptor-3 expressziója, és csökkent a RAD51 és a RAD52 DNS-javítási gének, a protein-foszfatáz-2A és BCL2-interacting killer-mRNS szintje. Az eredményeket epidermális növekedési faktor RT-PCR, immunhisztokémia és topoizomeráz-1 RT-PCR is megerősítette. Következtetések: A biopsziás vastagbélminták objektív, génexpressziós mintázatokon alapuló osztályozása megvalósítható a cDNS microarray-vizsgálatok eredményeinek funkcionális és többváltozós elemzésével. Betegségspecifikus génexpressziós mintázatok megismerése segítséget nyújthat a nem egyértelmű szövettani diagnózis kiegészítésében, pontosításában. | Background: Overall mRNA expression analysis of colon biopsies can contribute to the understanding of molecular background of the local alterations and gene ontology-based functional classification of colonic biopsies into inflammatory and neoplastic diseases. Methods: Total RNA was extracted from frozen biopsies and amplified by T7-method. Expression profile was evaluated by Atlas Glass 1K microarrays. After microarray quality control, applicable data were available from 10 adenomas, 6 colorectal adenocarcinoma (CRC), and inflammatory bowel diseases (IBDs: 3–3 CD and UC). Multivariate statistical and cell functional analyses were performed. Real-time RT-PCR and immunohistochemistry were used for validation. Results: Discriminant analysis of selected genes could correctly reclassify all 22 samples using 4 parameters (heat shock transcription factor-1, bystin-like, calgranulin-A, TRAIL receptor 3). IBD samples were characterized by overregulated chemokine (C-X-C motif) ligand 13, replication protein A1, E74-like factor 2 and downregulated TNF receptor-associated factor 6, BCL2-interacting killer genes. In adenomas upregulation of TNF receptor-associated factor 6, replication protein A1, E74-like factor 2 and underexpression of BCL2-associated X protein, calgranulin-A genes were found. CRC cases had significantly increased epidermal growth factor receptor, topoisomerase-1, v-jun, TNF receptor-associated factor 6 and TRAIL receptor 3, and decreased RAD51 and RAD52 DNA repair gene, protein phosphatase-2A and BCL2-interacting killer mRNA levels. Epidermal growth factor receptor RT-PCR and immunohistochemistry, topoisomerase-1 RT-PCR confirmed the chip results. Conclusions: Different histological alterations can be objectively classified by functional, multivariate analysis using cDNA microarrays. Disease-specific gene expression patterns can assist to avoid the intermediate and nondescript cases in diagnostics, which do not belong to any of the conventional diagnostic groups.

Actions (login required)

Edit Item