A stabilizációs centrumokra vonatkozó információ beépítése fehérje szekvencia-térszerkezet párosító (threading) eljárásba = Incorporation of stabilization centers into threading

Dosztányi, Zsuzsanna and Magyar, Csaba (2007) A stabilizációs centrumokra vonatkozó információ beépítése fehérje szekvencia-térszerkezet párosító (threading) eljárásba = Incorporation of stabilization centers into threading. Project Report. OTKA.

Preview

PDF 43609_ZJ1.pdf Download (25kB)

Abstract

A 2003-2006 időszakban végzett kutatómunkám a stabilizációs centrumok azonosítására szolgáló SCIDE nyilvános szerver világhálóra telepítésével kezdődött. A program közepétől tevékenységem kiterjedt a globuláris vízoldható fehérjéken túlra is. Egyrészt kidolgoztuk a TMDET nevű algoritmust, amely alkalmas a transzmembrán fehérjék automatizált megkülönböztetésére és ennek segítségével létrehoztuk a hetente folyamatosan frissülő PDB_TM adatbázist. Emellett elkezdtem foglalkozni az időben állandó térszerkezettel nem rendelkező, úgynevezett rendezetlen fehérjékkel. Ezen a területen a legfontosabb eredményem, hogy kidolgoztam egy eredeti módszert rendezetlen fehérjék illetve fehérje szegmenseknek szekvenciából történő becslésére. | I started the research period of 2003-2006 with setting up the freely accessible web server SCIDE for the identification of stabilization centers. Form the middle of the program my research interest gradually shifted beyond water soluble globular proteins. First, we developed the TMDET algorithm suitable for the automated discrimination of globular and transmembrane proteins, and this allowed establishing the PDB_TM database which is updated on a weekly basis. Furthermore, I become interested in the so-called disordered proteins which do not have a stable well defined three-dimensional structure. My main result on this area was the development of an original method for the prediction of disorder protein and protein segments from the amino acid sequence.

Actions (login required)

Edit Item