Fehérje kötőhelyek feltárása alternatív splicing és paralóg fehérje információ vizsgálatával = Exploration of protein binding sites by alternative splicing and paralogous protein data mining

Hegyi, Hedvig (2012) Fehérje kötőhelyek feltárása alternatív splicing és paralóg fehérje információ vizsgálatával = Exploration of protein binding sites by alternative splicing and paralogous protein data mining. Project Report. OTKA.

Preview

PDF 76286_ZJ1.pdf Download (42kB) | Preview

Abstract

A cél alternativ splicing (AS) által módositott kötőhelyek feltárása volt. Ebből a célból a fehérje-fehérje kölcsönhatásokat (kh) tartalmazó IntAct adatbázist vizsgáltam. A legkézenfekvőbb azoknak a variánsoknak a vizsgálata, amelyeknek negativ kontrollja is megtalálható volt az adatbázisban (amikor kifejezetten páros kh hiányát rögzitették a vizsgálatok). Ilyen esemény, ill. izoformapár 8 volt az Intactban, melyeket részletes analizisnek alávetve azt találtuk, hogy 6 esetben az AS által eliminált részben található volt olyan kötőhely, melyek hiánya okozhatta a minor izoformák eltérő kötési tulajdonságait. E szűk adatmennyiség miatt további koncepciókat vezettünk be. Az egyik a kötőhelyek feltárása mellett az AS-nál található rendezetlenség és hidrofób felszín vizsgálata volt: az utóbbi meghatározó szerepet játszik az alternatívan szerkesztődő fehérjék túlélési esélyeit illetően: a túlzott mennyiségű hidrofób felszín kialakulása jelentősen lecsökkenti azt. Továbbiakban a rendezetlenség, a fehérje-fehérje kh és az organizmus ill. a különböző szövetek komplexitása közötti összefüggéseket vizsgáltuk. Azt találtuk, hogy az AS, a fehérje-kötőhelyek száma és a rendezetlenség növekszik az organizmus komplexitásával, utóbbi csak a prokarióták és eukarióták között. Ezután a nemi kromoszómákon kódolt fehérjék nagyobb rendezetlenségét és a fehérje-fehérje kh-ok eloszlását vizsgáltuk. Megállapítottuk, h a kh-ok száma az X és Y-kódolt fehérjékben kisebb, mint az autoszómákon. | The goal was to study protein-protein interactions (ppi) in alternatively spliced (AS) proteins. For this we explored the IntAct database. We set out to investigate those ppi-s where the lack thereof in AS variants were also known. However, we found only 8 such pairs of isoforms. In 6 cases the AS eliminated binding sites, which might have caused the different behavior of the AS variants. Due to this limited data set we introduced new concepts: 1. Besides the ppi we also studied the disorder and hydrophobic surface of AS proteins. We found that extreme amount of surface hydrophobicity decreases the viability of AS proteins. 2. We studied the relationship between protein disorder, ppi and the complexity of organisms and individual human tissues. We found that the number of ppi-s and disorder both increase with complexity but the latter only between prokaryotes and eukaryotes. 3. We studied the increased disorder of proteins coded on the sex chromosomes in mammals. We found that the protein–protein interactions show a non-random chromosomal distribution, the X, and especially the Y chromosome-coded proteins have the lowest overall frequency for interactions but the largest bias towards intra-chromosomal interactions.

Actions (login required)

Edit Item