Genetic diversity of different apricot geographical groups determined by SSR markers

Romero, C. and Pedryc, Andrzej and Munoz, V. (2003) Genetic diversity of different apricot geographical groups determined by SSR markers. GENOME, 46 (2). pp. 244-252. ISSN 0831-2796

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Abstract

Forty apricot cultivars with different geographic origins belonging to the germplasm collections of St. Istvan University (Budapest, Hungary) and the Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias (IVIA) (Valencia, Spain) were studied by means of SSR markers. The aim of the study was to determine the genetic relationships among genotypes from different eco-geographical groups. Sixteen primer pairs flanking microsatellite sequences in the peach genome were assayed. Eleven of them were polymorphic in the set of cultivars studied and allowed every genotype to be unambiguously distinguished. Genetic diversity in the population studied was analyzed using several variability parameters. A total of 34 alleles were detected with a mean value of 3.1 alleles/locus. The expected heterozygosity mean was 0.46 and the observed heterozygosity was 32% on an average leading to a high value of the Wright’s fixation index (0.32). Additionally, UPGMA cluster analysis based on Nei’s genetic distance grouped genotypes according to their geographic origins and pedigrees. SSR markers have proved to be an efficient tool for fingerprinting cultivars and conducting genetic- diversity studies in apricot. | Quarante cultivars de l’abricotier de diverses origines géographiques et faisant partie des ressources génétiques conservées à l’Université St. Istvan (Budapest, Hongrie) et à l’Instituto Valenciano de Investigaciones Agrarias (IVIA) (Valence, Espagne) ont été examinés au moyen de marqueurs microsatellites. Le but de l’étude était d’élucider les relations génétiques entre les génotypes appartenant à divers groupes éco-géographiques. Seize paires d’amorces bordant des microsatellites dans le génome du pêcher ont été employées. Onze d’entre elles ont révélé du polymorphisme au sein des cultivars à l’étude et elles ont permis d’identifier chaque génotype sans ambiguïté. La diversité génétique au sein de la population à l’étude a été analysée à l’aide de plusieurs paramètres de variabilité. Au total, 34 allèles ont été détectés pour une moyenne de 3,1 allèles par locus. L’hétérozygotie moyenne attendue était de 0,46 et l’hétérozygotie observée était de 32 % en moyenne ce qui s’est traduit par une valeur élevée pour l’indice de fixation de Wright (0,32). De plus, des analyses de groupement UPGMA, fondées sur la distance génétique de Nei, ont permis de grouper les génotypes en fonction de leur origine géographique et de leur pedigree. Les microsatellites se sont avérés des outils efficaces pour l’identification variétale et pour la réalisation d’études de la diversité génétique chez l’abricotier.

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