SNP elemzés az rDNA ITS-5.8S-ITS2 lokuszán a mai és a középkori sárgadinnyében (Cucumis melo).

Szabó, Z. and Gyulai, Gábor and Tóth, Z. and Heszky, László (2007) SNP elemzés az rDNA ITS-5.8S-ITS2 lokuszán a mai és a középkori sárgadinnyében (Cucumis melo). AGRÁRTUDOMÁNYI KÖZLEMÉNYEK = ACTA AGRARIA DEBRECENIENSIS, 27. pp. 120-124. ISSN 1587-1282

Preview

Text 1166723.pdf Download (330kB) | Preview

Abstract

Az rDNA (riboszómális DNS) ITS (internal tanscribed spacer) szekvencielemzését végeztük el 31 mai sárgadinnyefajtában és egy régészeti feltárásból előkerült (15. sz., Budai Vár, Budapest) maglelet DNS mintájában. Hat SNP (single nucleotide polymorphism) nukleotid szubsztitúciót azonosítottunk az egyes doménekben. Az ITS elemzés alkalmasnak bizonyult a régészeti feltárásból előkerült, de endogén fertőzést hordozó magvak elkülönítésére is, ugyanis a fertőzött magokban a fajra jellemző, a 618 bp hosszúságú ITS1-5.8S-ITS2 szakaszokat magába foglaló, 664 bp hosszúságú ITS fragmentum mellett egy 580 bp nagyságú fragmentum is felszaporodott, amely – a szekvenciaelemzés és BLAST analízisben – Aspergillus nidulans eredetet mutatott (NCBI, AF455505). Az SNP szubsztitúciók gyakorisága alapján leszűkíthető volt a 15. századi minta legközelebbi fajtaköre. Az eredmények hozzájárulnak a régészeti feltárásokból előkerült ős növényfajták végső molekuláris és morfológiai rekonstrukciójához. | ITS (internal tanscribed spacer) profiles of the aDNA (ancient DNA) of seed remains extracted from an extinct sample recovered from the 15th century (Budapest, Hungary) were compared to 31 modern melon cultivars and landraces. An aseptic incubation followed by ITS analysis was used to exclude the exogenously and endogenously contaminated (Aspergillus) medieval seeds and to detect SNPs in ITS1-5.8S-ITS2 region of rDNA (ribosomal DNA). SNPs were observed at the 94–95 bp (GC to either RC, RS or AG) of ITS1; and at 414 bp (A-to-T substitution), 470 bp (T to Y or C), 610 bp (A to R or G) of ITS2. The results facilitate the final aim of molecular and morphological reconstructions of ancient melon tpyes.

Actions (login required)

Edit Item