Mikroszatellita lokuszok evolúciója a görögdinnyében (Citrullus lanatus) a középkor óta; (CT)3 deléció a (CT)26 nSSR-ban.

Tóth, Z. and Gyulai, Gábor and Szabó, Z. and Horváth, L. and Gyulai, Ferenc and Heszky, László (2007) Mikroszatellita lokuszok evolúciója a görögdinnyében (Citrullus lanatus) a középkor óta; (CT)3 deléció a (CT)26 nSSR-ban. AGRÁRTUDOMÁNYI KÖZLEMÉNYEK = ACTA AGRARIA DEBRECENIENSIS, 27. pp. 125-134. ISSN 1587-1282

Preview

Text 1166727.pdf Download (428kB) | Preview

Abstract

Görögdinnye (Citrullus lanatus) magleletekből (13. sz., Debrecen; 15. sz. Buda; 18. sz. Pannonhalma) DNS-izolálást, molekuláris (nSSR – nuclear simple sequence repeat; cpDNS – kloroplasztisz DNS) elemzést és fenotípusos fajtarekonstrukciót végeztünk 44 mai fajtával való összehasonlításban. Az elemzésben 47 primer-párt teszteltünk, ebből 26 primer-pár bizonyult hatékonynak a mai fajtákban, amelyek közül csak 16 volt aktív a középkori mintában. Az aktív primerek alkalmazásával szekvencia elemzést végeztünk a (CT)26-30 nSSR lokuszon, és a clp-12 cpDNS lokuszon. Megállapítottuk, hogy a középkori mintában még megtalálható (CT)3 szakasz a mai fajtában már delécióval kiesett az elmúlt 600 év során. Továbbá a cpDNS trnV (Jarret et al., 1997) lokuszán (tRNS-Valin; 299 bp) két szubsztitúciót azonosítottunk (102.196 és a 102.201 nt.-ben). A (CT)26-30 nSSR lokusz (196 bp) 122-130 bp szakaszán egy további (CT)4 inverziót is azonosítottunk, amely (CT)26-30 egyszerű mikroszatellita lokuszból kialakuló (CT)17-C-(TC)3-T-(CT)5 összetett mikroszatellita születését igazolja. Vizsgálataink során egy új retrotranszpozont (Cila-1) azonosítottunk. A középkori minta fajtarekonstrukciójához elkészítettük a 44 mai fajta morfológiai dendrogramját 25 fenotípusos bélyeg alapján. | The evolution of water melon (Citrullus lanatus) microsatellites from the 15th century (Debrecen); 13th (Buda); and 18th century, (Pannonhalma) were analyzed. Microsatellite (nSSR, nuclear simple sequence repeat) and cpDNA profiles of the aDNA (ancient DNA) of seed remains were compared to modern water melon cultivars and landraces. Sixteen primer pairs were applied. Sequence analysis at the (CT)26 and cpDNA trnV loci revealed a (CT)3 and Adenin deletions, respectively, form the current water melon cultivar compared to the medieval sample. Cila-1), a new LTR retrotansposon has been described. For morphological reconstruction, a dendrogram produced by SPSS11 based on the presence versus absence of 24 phenotypic characters were also analyzed.

Actions (login required)

Edit Item