Pseudomonas syringae pv. syringae által termelt lipopeptidek és a sejtmembrán közötti kölcsönhatások vizsgálata = Investigation of lipopeptides and cell membrane interactions

Mátyus, Edit and Fehér, Krisztina (2007) Pseudomonas syringae pv. syringae által termelt lipopeptidek és a sejtmembrán közötti kölcsönhatások vizsgálata = Investigation of lipopeptides and cell membrane interactions. Project Report. OTKA.

Preview

PDF 43192_ZJ1.pdf Download (1MB)

Abstract

Az OTKA projekt keretében három, különböző szerkezetű és biológiai aktivitású, antifungális ciklusos lipodepsipeptid, a syringomycin-E (SR-E), a syringotoxin (ST-B) és a syringopeptin-25A (SP-25A) vegyület, hatásmechanizmusát vizsgáltuk atomi szintű molekula dinamikai (MD) szimulációval. A projekt első két évében a három CLP molekula hidrofil és hidrofób közegben kialakuló háromdimenziós (3D) szerkezetét határoztuk meg. Eredményeink összhangban vannak az irodalomból ismert kísérleti megállapításokkal, amelyeket két közleményben foglaltunk össze. Az MD számolások eredményeként meghatározott és jellemzett konformereket építettük be a sejt membránt modellező, különböző típusú és összetételű lipid kettősrétegekbe, amelyeket a projekt harmadik évében építettünk fel. A kettősrétegek megszerkesztése önmagában nem leközölhető eredmény, azonban várhatóan egy lipid adatbázisba bekerülve mások által is alkalmazhatóvá válhatnak. A projekt negyedik évében az összeépített, különböző összetételű és méretű, peptid-lipid kettősréteg rendszereken további MD szimulációt végeztünk, hogy a peptid-lipid kölcsönhatás, továbbá a peptid és a lipid szerkezetében bekövetkező változásokat, a pórus szerkezetét és kialakulását molekuláris szinten értelmezhessük. Megállapítottuk a peptidek szerkezetében és a kettősréteg rendezettségében bekövetkező változásokat, továbbá hogy a pórus kialakulásában a peptidek mellett a lipid molekulák is jelentős szerepet játszanak. | Syringomycin-E (SR-E), the syringotoxin (ST-B) and the syringopeptin-25A (SP-25A) are antifungal cyclic lipodepsipeptides (CLPs) produced by certain strains of the bacterium Pseudomonas syringae pv. syringae. Their primary biological target is the plasma membrane, where their form channels. In this project, we investigated in atomic detail the molecular feature of CLPs in water, octane and different composition of lipid bilayers by atomistic molecular dynamics simulations. The 3D structures of CLPs obtained after long (200ns) MD simulation in hydrophobic and hydrophilic environment are in agreement with published experimental data and the results are summarized in two papers. These structures are built into different lipid bilayers are used to investigate the interactions of CLPs with lipid bilayers, the mechanism of pore formation and the structure of pore formed by CLPs.

Actions (login required)

Edit Item