Egypontos nukleotid-polimorfizmusok hatása a magyarországi holstein-fríz tehenek láb– és lábvég–tenyészértékére = Associations between single nucleotide polymorphisms and the estimated breeding values for feet of Holstein-Friesian cows in Hungary

Zsolnai, Attila and Bognár, László and Bene, Szabolcs and Kőrösi, Zsolt Jenő and Rózsa, László and Szabó, Ferenc and Anton, István (2026) Egypontos nukleotid-polimorfizmusok hatása a magyarországi holstein-fríz tehenek láb– és lábvég–tenyészértékére = Associations between single nucleotide polymorphisms and the estimated breeding values for feet of Holstein-Friesian cows in Hungary. ÁLLATTENYÉSZTÉS ÉS TAKARMÁNYOZÁS, 75 (2). pp. 55-69. ISSN 0230-1814 (nyomtatott); 3003-9932 (online)

Preview

Text 004_Zsolnaietal-1.pdf - Published Version Available under License Creative Commons Attribution. Download (313kB) | Preview

Abstract

A tanulmány célja azoknak az SNP-knek az azonosítása volt a szarvasmarha-genomban, amelyek összefüggésbe hozhatók magyarországi holstein-fríz (HF) tehenek láb és lábvégekre vonatkozó becsült tenyészértékével (TÉláb). A lábak, ill. lábvégek egészségi állapota kiemelt jelentőségű a tejelő szarvasmarhatenyésztésben, mivel a patabetegségek sántasághoz vezetnek, ami alacsony termékenységi arányt és termelékenységet eredményez. A hazai Holstein-fríz Tenyésztők Egyesülete (HTE) HF teheneket genotipizáltatott Eurogenomics (EuroG_MDv4) chipen. A végleges adatbázis 2963 állatot és 59 151 SNP-t tartalmazott. Az TÉláb értékeket magas és alacsony csoportokra osztottuk és az ezek közötti genetikai differenciálódásra (genomszintű és lókusz-specifikus) vonatkozó összes számítást, a lineáris regressziót és a haplotípus-asszociációs teszteket a SNP and Variation Suite (SVS) szoftverrel végeztük. A TÉláb vonatkozásában 39 kapcsolt SNP-t határoztunk meg a BTA 3, 7, 8, 15, 21 és X kromoszómákon. Az azonosított SNP-k maximális értékei 0,22 voltak az Fst_marker esetében, 23,1 a lineáris regresszió −log10(p) értéke esetében, és 26,3 a BTA 3-on végzett haplotípus-asszociációs tesztek −log10(p) értéke esetében. A lábak becsült tenyészértékével (TÉláb) összefüggő SNP-khez legközelebb álló gének főként a szövetek szerkezetéhez, az immunválaszhoz, az anyagcseréhez, a fejlődéshez, a transzportfolyamatokhoz és a jelátvitelhez kapcsolódnak. Eredményeink hozzájárulhatnak azon tenyésztési programok sikeréhez, amelyek a HF szarvasmarhák lábegészségének javítására összpontosítanak. | The aim of this study was to identify SNPs in the cattle genome associated with estimated breeding values of feet (EBVfeet) in Holstein-Friesian (HF) cows in Hungary. Foot health is of major importance in dairy cattle industry whereas claw disorders are leading to lameness and thus result in low fertility rates and productivity. Genotyping was performed using the EuroG_MDv4 microarray platform. The final database comprised 2,963 animals and 59,151 SNPs. EBVfeet values have been divided into high and low groups. All calculations regarding the genetic differentiation (genome-wide and locus-specific) between high- and low-value groups for EBVfeet, linear regression, and haplotype association tests have been performed with the SNP and Variation Suite software. Thirty-nine SNPs associated with EBVfeet were determined on BTAs 3, 7, 8, 15, 21, and X. The maximum values of the identified SNPs were 0.22 for Fst_marker, 23.1 for the −log10(p) of the linear regression, and 26.3 for the −log10(p) of the haplotype association tests on BTA 3. The closest genes to SNPs associated with estimated breeding values for feet (EBVfeet) are mainly associated with tissue structure, immune response, metabolism, growth, development, transport and signaling. Our results could add additional information to the genetic programs focusing on the improvement of foot health in HF cattle. (Animals, 2026)

Actions (login required)

Edit Item